“40000 орон сууц” хөтөлбөрийг хэрэгжүүлэхэд хөдөө орон нутагт төдийгүй нийслэл хотод хүндрэлтэй асуудлуудтай тулгарсаар байна. Орон нутагт барилгын материалын үйлдвэрлэл хомс, ихэнхдээ барилгын материалыг Улаанбаатар хот болон Хятад улсаас авч байгаагаас шалтгаалж барлгын үндсэн хийцэд ордог цемент, арматурын үнэ өссөн, мөн тээврийн зардал өсөх хандлагатай байна. Орон нутагт дунджаар нэг тонн цементийн үнэ 110,000-150,000, арматурын үнэ 820,000-980,000 төгрөгт хэлбэлзэж байна. Зарим алслагдсан аймагт тоосго, блокны үйлдвэрлэл байхгүй, тээврийн зардал өндөр байгаагаас 4-н айлын орон сууцны барилгыг модон хийцээр угарч байгаа тохиолдол гарч байна. Барилгын материалын үнийн өсөлтөөс шалтгаалан аймгийн төвүүдэд орон сууцны үнэ өссөн байна.
Мөн өөр нэг асуудөал бол Засгийн газрын бондын хөрөнгийг байршуулах, хувиарлах, шилжүүлэх үйл ажиллагааг зохицуулах Сангийн яам, орлцогч арилжааны банк, ОССК-ийн хоорондын эрх зүйн харилцаа боловсронгуй биш байгаа нөхцөлөөс үүдэн орон нутагт явагдаж байгаа барилгын ажлын гүйцэтгэлийг цаг тухайд нь санхүүжүүлж чадахгүй байна. Тухайлбал: 4,8 айлын орон сууцны барилгын гүйцэтгэл улсын хэмжээнд 34%-тай байхад санхүүжилт нь дөнгөж 11%-тай байгаа жишээг энд дурдаж болно. Сангийн яамнаас арилжааны банкуудад Засгийн газрын бондын мөнгийг байршуулсан боловч Сангийн яам болон банкуудын хооронд байгуулсан “дамжуулан зээлдүүлэх гэрээ” –нээс шалтгаалан барилгын санхүүжилтийн асуудал хүндрэлтэй хэвээр байна. 2007 оны 9-р сарын байдлаар “Голомт” банкинд 9,9 тэрбум төгрөг , “Улаанбаатар хотын банк”-нд 8 тэрбум төгрөг, “Монгол шуудан банк”-нд 4 тэрбум төгрөг байршсан.
Улсын хэмжээний барилгын ажлын гүйцэтгэлд , 1,109,278,744 төгрөгний санхүүжилт хийгдсэн бөгөөд 9-р сарын 15-ы байдлаар 40 айлын орон сууцны барилгын бодит гүйцэтгэлд 698,497,745 төгрөгийн, 4, 8 айлын орон сууцны барилгын бодит гүйцэтгэлд 545,319,383 төгрөгний нийт дүнгээрээ 1,243,817,129, төгрөгийн санхүүжилт хүлээгдсээр байна.